昆明动物所在三代基因测序领域取得进展

日期:2019-01-13 07:54:26 来源:互联网 编辑:小薇 阅读人数:380

基因测序技术系生命科学和生物科技的核心技术之一,目前正处在从主流的二代测序技术向三代技术进行产业升级的过渡阶段。三代技术以其超长读段(最新技术可达 1 兆)较之以短读段取胜的二代技术具备诸多技术优势,无疑是测序技术的未来。但三代技术在与二代技术竞争中,也存在两大劣势,其一是三代测序硬件(测序仪)的碱基水平(base-pair)错误率至今仍然高达 15%(二代测序错误率不到 1%)其二是目前测序成本仍然居高不下。

事实上,三代测序超高错误率也使得三代测序数据的组装分析遇到了极大。例如,2014 年,主流的三代基因测序软件在组装人类基因组时,仅 “多重比对” 一步就耗时 400,000 个 CPU 小时,而且是借助了谷歌公司超级计算机集群。2014 年,马占山与美国马里兰大学博士叶承羲合作发布的三代测序组装软件(DBG2OLC)将这一计算步骤减少到了大约 6 小时,而且是在一台普通工作站完成的。DBG2OLC 使得原本需要超级计算机集群才能完成的计算可以在普通工作站上完成,目前 DBG2OLC 仍然是三代测序软件中运行速度最快、内存需求最少的软件和算法。2016 年他们合作发布了另一款用于三代测序纠错的软件 SPARC,该软件将三代测序软件技术的组装错误率降低到 0.5% 以下;与当时最优秀的同类软件相比,可节省计算时间和内存达 80%。DBG2OLC 和 SPARC 软件不仅有效弥补了三代测序硬件技术超高错误率的缺陷,而且也为最新的 “10x 技术辅助的混合三代测序” 奠定了高效、可靠的算法和软件基础。此次发布的技术仍然得到了叶承羲的支持和帮助。

马占山为文章的第一,马占山和张亚平为文章的共同通讯。相关工作得到国家自然科学基金、云岭产业技术领军人才、云南省国际合作基金等的资助。

论文信息:

本文相关词条概念解析:

技术

世界知识产权组织在1977年版的《供发展中国家使用的许可证贸易手册》中,给技术下的定义是:“技术是一种制造一种产品的系统知识,所采用的一种工艺或提供的一项服务,不论这种知识是否反映在一项发明、一项外形设计、一项实用新型或者一种植物新品种,或者反映在技术情报或技能中,或者反映在专家为设计、安装、开办或维修一个工厂或为管理一个工商业企业或其活动而提供的服务或协助等方面。”

网友评论
山雨欲來風
山雨欲來風
在两广、福建等地区案例较多,夫妇双方如果都是地贫基因携带者的话,对子代的遗传几率是
2019-06-25 03:09 49
开到荼蘼花
开到荼蘼花
基因测序如何影响我们的生活?
2019-06-21 20:36 40
天马行空。
天马行空。
基因测序、基因检测和基因解码有什么区别?
2019-06-25 22:22 20
wangjiguto
wangjiguto
路还在前方,科技探索永无止境,基因行业的现在与未来都不会以解码为最终代表
2019-06-25 05:37 44
无语的紫鸢
无语的紫鸢
提供设备、医疗服务的机构也可以获得代币补偿
2019-06-18 13:23 42
缘来是你aa
缘来是你aa
个人基因信息保护、检测机构的权威性、国家以及公众的监管等问题
2019-06-24 03:50 0
大大小小你
大大小小你
基于成本考虑,假如基因测序的成本足够低,有些方法可能会被替代
2019-06-17 22:17 8
peerless三
peerless三
共识机制下,这些医疗健康机构会减少作恶,因为数据在我们自己手里,他们只能靠提高服务水平和质量来吸引消费者
2019-06-21 07:19 36
比八部泡泡
比八部泡泡
基因解码,基因最终是要表达成蛋白,由蛋白质来执行生命过程中的各种功能
2019-06-23 10:34 7
mqcdo2
mqcdo2
成本降低,应用场景也开始有了
2019-06-18 00:39 10
狗狗爱喝奶
狗狗爱喝奶
区块链如何重塑基因测序行业?
2019-06-17 00:47 6
一朵浮云飘
一朵浮云飘
比如限制性酶切、质谱、基因芯片、northernblot、southernblot等等
2019-06-20 09:27 8
风中摇曳7
风中摇曳7
基因解码会是基因行业的最终代表吗
2019-06-23 15:52 30
小雨初停
小雨初停
基因测序技术能锁定个人病变基因,提前预防和治疗
2019-06-18 17:12 21
相关文章
华大智造发布超高通量基因测序仪 总裁余德健:已累计投入50亿元用于研发

华大智造发布超高通量基因测序仪 总裁余德健:已累计投入50亿元用于研发

华大智造发布超高通量基因测序仪 总裁余德健:已累计投入50亿元用于研发[详情]

华大发布最新测序仪,消费级基因市场竞争加剧能否惠及大众

华大发布最新测序仪,消费级基因市场竞争加剧能否惠及大众

华大发布最新测序仪,消费级基因市场竞争加剧能否惠及大众[详情]

11月起事业如日中天, 取得进展, 财运一路飙升, 富裕有加的生肖

11月起事业如日中天, 取得进展, 财运一路飙升, 富裕有加的生肖

11月起事业如日中天, 取得进展, 财运一路飙升, 富裕有加的生肖[详情]

网站地图    Copyright     2016-2018  资讯网   All rights reserved.